第 27 話 O-結合型糖鎖を解析する  O結合型糖鎖が付加したペプチド、タンパク質の解析

 前回のコラムで、タンパク質から切り出した O-結合型糖鎖を解析する方法について紹介しました。今回のコラムでは、ペプチド、タンパク質にO-結合型糖鎖が付加した糖ペプチド、糖タンパク質の解析について紹介します。

 糖タンパク質の糖鎖付加位置が1カ所しかない場合、インタクトタンパクのまま質量分析測定をし、タンパク質+糖鎖の m/z で糖鎖プロファイル解析を行う場合があります。しかし、多くの糖タンパク質解析では、そのような方法を採ることはほとんどありません。プロテオミクスのアプローチと同様に、解析対象糖タンパク質をトリプシンなどのプロテアーゼ処理し、得られた糖ペプチド断片を解析するのが一般的です。この際得られたO-結合型糖鎖が付加した糖ペプチドを解析するにあたり、MS/MSでペプチドをフラグメント化する必要があります。O-結合型糖鎖はこのフラグメント化の際にペプチドから脱離してしまい、本来の翻訳後修飾の情報を失ってしまいます。このペプチドからの糖鎖脱離を抑えるイオン化手法として、ETD (electron transfer dissociation) や ECD (electron capture dissociation) というイオン化法が用いられています。CID (collision-induced dissociation) では修飾部位の同定は困難なケースが多いので、これらのイオン化法は O-結合型糖鎖が付加したペプチド(タンパク質)を解析する強力なツールとなります。

 

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筆者プロフィール
naruken
博士(理学)北海道大学大学院理学研究科
専門:糖鎖工学、タンパク質工学、構造解析

  • 試薬販売
  • 質量分析装置を用いた糖鎖解析
  • 蛍光ラベル化単糖組成解析
  • NMRを用いた糖鎖解析
  • 糖誘導体合成と糖鎖合成
  • タンパク質品質管理